Mathdoc a organisé son infrastructure de ses bibliothèques numériques afin d’assurer sur le long terme la sauvegarde des collections numérisées. En cas de nécessité, cet archivage permettrait d’assurer une réimpression des collections fidèles aux documents originaux. Les données bibliographiques sont stockées sur différents supports de stockage (bandes, CD et DVD). Actuellement, l'archivage représente 48 000 articles (800 000 pages)  numérisés, 7 500 articles (200 000 pages) nativement numériques.

Caractéristiques des données archivées permettant une reproduction haute définition (réimpression ou conversion de format de fichier image) :

• les fichiers articles PDF, DJVU,
• les métadonnées détaillées XML,
• les fichiers texte de type OCR (reconnaissance des caractères),
• les fichiers images au format Tiff multipage pour les articles numérisés,
• la sauvegarde des outils nécessaires à l'exploitation des données de production.

Une procédure de redondance est à l’étude afin d'améliorer la sécurisation du patrimoine bibliographique numérique.